Para el PEB, una Unidad Educativa, es un centro base que cuenta con la infraestructura y recursos necesarios para poder brindar una educación biológica de calidad.

El PEB cuenta con cuatro Unidades Educativas ubicadas en diferentes sectores de acuerdo al interés del estudio de cada ecosistema: Bosque Tropical Seco, Zona Costera, Bosque Húmedo Rincón y Bosque Húmedo Guanacaste, cada una de estas unidades cuenta con equipo especializado que facilita el desarrollo de cada gira educativa.

Programa de Educación Biológica Mapa de Centros Educativos del Programa de Educación Biológica 

Unidad Educativa Bosque Seco.

La unidad educativa del Bosque seco está ubicada en el Sector Santa Rosa, cuenta con una sala de proyecciones, laboratorio, biblioteca, colección de muestras biológicas, oficinas y es donde se realiza toda la coordinación del programa.

Los centros educativos que pertenecen a esta unidad son los siguientes centros educativos: Salvador Villar Muñoz (La Cruz), La Garita, Los Inocentes, Colonia Bolaños, Marcelino García Flamenco (Quebrada Grande), Los Ángeles de Quebrada Grande, El Consuelo, Las Lilas, Irigaray, Cañas Dulces, Buena Vista, Curubandé, Guardia, Pacífica García Fernández (Comunidad), El Triunfo, Altos del Roble, Liceo del Consuelo, Liceo Laboratorio, Liceo de Guardia y el Colegio Técnico Profesional de Liberia.

Programa de Educación Biológica Mapa de Centros Educativo Unidad Educativa Bosque Seco

Unidad Educativa Zona Costera.

La unidad educativa de Zona Costera está ubicada en el Sector Junquillal  y cuenta con un aula, una oficina con una pequeña biblioteca y una colección de muestras biológicas.

Las escuelas pertenecientes a esta unidad son Agua Caliente, Cuajiniquil, Tempatal, Bello Horizontes y Gil Tablada Corea (El Jobo).

Programa de Educación Biológica Mapa de Centros Educativo Unidad Educativa Zona Costera

Unidad Educativa Bosque Húmedo Guanacaste.

La unidad educativa del Bosque Húmedo Guanacaste está ubicada en la comunidad de Santa Cecilia de la Cruz, Guanacaste, cuenta con una casa de habitación para el educador, aula-laboratorio, biblioteca, bodega y una colección de muestras biológicas.

Los centros educativos que pertenecen a esta unidad son: Santa Cecilia, Los Angeles de Santa Cecilia y Argendora.

Programa de Educación Biológica Mapa de Centros Educativo, Unidad Educativa Bosque Húmedo Guanacaste

Unidad Educativa Bosque Húmedo Rincón.

Esta unidad educativa se encuentra ubicada en la comunidad de Colonia Blanca en Aguas Claras de Upala, en la provincia de Alajuela. cuenta con una casa de habitación para el educador, aula-laboratorio, biblioteca, bodega y una colección de muestras biológicas.

Los centros educativos que participan en esta unidad son: Fausto Guzmán, San Jorge, IDA-Las Parcelas (Rincón de la Vieja).

Es importante mencionar que a partir del 2012 se dejó de recibir a los siguientes centros educativos de las Unidades Educativas de Bosque Húmedo Guanacaste y Bosque Húmedo Rincón: Birmania, La América, Brasilia, El Encanto, La Jabalina, San Luis, Dos Ríos, El Gavilán, Buenos Aires y el Liceo de Dos Ríos de Upala, Colonia Libertad, Valle Verde, Colonia Blanca, Río Negro, Porfirio Ruiz, San Isidro, San Antonio, El Carmen, , Liceo Aguas Claras y Telesecundaria de Valle Verde, por motivo de que el convenio MINAE-MEP, no estaba actualizado en ese momento, a finales del año 2016 se actualiza el convenio, entonces se están realizando las gestiones necesarias para empezar a realizar las giras educativas con esta población. Sin embargo cabe mencionar que durante este tiempo, los educadores han ido a estos centros educativos a brindar charlas sobre temática específica relacionada con las amenazas que afectan al ACG, además padres de familia seleccionados, participan todos los años en los talleres que ofrece el PEB.

  Programa de Educación Biológica Mapa de Centros Educativo, Unidad Educativa Bosque Húmedo Rincón